Aus Hamburg und dem Landkreis Harburg sind heute rund 8.000 archäologische Fundplätze, so genannte Bodendenkmale, bekannt. Eine wichtige Aufgabe des Museums ist es, das Wissen über diese Bodendenkmale und die von dort stammenden Funde zu archivieren und die Fundplätze zu schützen.
Dabei sind die Hinterlassenschaften unserer Vorfahren im Boden am sichersten aufgehoben. Nur wenn sie durch Baumaßnahmen, Forstwirtschaft, landwirtschaftlichen Betrieb oder natürliche Umwelteinflüsse bedroht sind, greifen die Archäologen zur Schaufel und graben aus. Da damit jedoch immer eine Zerstörung der Fundplätze verbunden ist, ist zum Ausgraben eine behördliche Genehmigung notwendig. Wer archäologische Funde entdeckt, ist zudem verpflichtet, diese der zuständigen Denkmalschutzbehörde oder dem Museum zu melden.